Daňová kontrola je jedným z množstva úkonov správcu dane, ktoré upravuje zákon č. 563/2009 Z. z. o správe daní (daňový poriadok) a o zmene a doplnení ďalších zákonov v z. n. p. (ďalej len „daňový poriadok“) a umožňuje vykonávať daňovú kontrolu v oblasti daní a aj v oblasti účtovníctva.
Podľa § 44 ods. 1 daňového poriadku daňovou kontrolou správca dane zisťuje alebo preveruje skutočnosti rozhodujúce pre správne určenie dane alebo dodržiavanie ustanovení osobitných zákonov. Týmto osobitným zákonom je aj zákon č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v z. n. p. (ďalej len „zákon o účtovníctve“).
Daňová kontrola sa vykonáva v rozsahu, ktorý je nevyhnutne potrebný na dosiahnutie jej účelu, je zameraná na určitý druh dane a určité zdaňovacie obdobie s cieľom preveriť alebo zistiť všetky skutočnosti a okolnosti rozhodujúce pre správne určenie dane a následne aj výšku daňovej povinnosti.
Vzhľadom na skutočnosť, že kontrolu dodržiavania zákona č. 595/2003 Z. z. o dani z príjmov v z. n. p. (ďalej len „ZDP“) nemožno oddeliť od kontroly dodržiavania zákona o účtovníctve, správca dane vykonáva v prevažnej miere súbežne daňovú kontrolu podľa zákona o dani z príjmov súbežne aj daňovú kontrolu podľa zákona o účtovníctve. Je to z dôvodu, že pri zisťovaní základu dane podľa § 17 ZDP daňovník vychádza z účtovníctva, na základe ktorého vykazuje výsledok hospodárenia spôsobom podľa toho, v akej sústave účtovníctva, ktoré upravuje zákon o účtovníctve, účtovná jednotka účtuje. To znamená, že správca dane pri kontrole dane z príjmov najprv vykoná kontrolu správnosti vedenia účtovníctva, za účelom správneho vykázania výsledku hospodárenia vrátane jeho ďalšej úpravy v prípade, že účtovná jednotka vykazuje výsledok hospodárenia podľa IFRS, podľa osobitného predpisu alebo správneho vyčíslenia rozdielu medzi príjmami a výdavkami a až po týchto úpravách vykoná kontrolu dodržiavania ustanovení ZDP s vplyvom na základ dane a vyčíslenie správnej daňovej povinnosti za kontrolované zdaňovacie obdobie.
Správca dane však môže vykonať daňovú kontrolu dodržiavania ustanovení zákona o účtovníctve aj samostatne bez začatia daňovej kontroly dane z príjmov. Na vykonanie samostatnej kontroly dodržiavania zákona o účtovníctve je správca dane oprávnený nadväzne na § 38 ods. 4 zákona o účtovníctve. Z praktického hľadiska a aj z hľadiska efektivity výkonu správcu dane je vhodné, aby tieto dve kontroly správca dane vykonával súbežne na základe jedného oznámenia o začatí daňovej kontroly.
Na začatie daňovej kontroly dodržiavania zákona o účtovníctve sa postupuje podľa § 44 až § 47 daňového poriadku v lehote podľa § 46 ods. 10 a je ukončená dňom doručenia protokolu podľa § 46 ods. 9 daňového poriadku.
Daňový poriadok sa vzťahuje aj na konanie o uložení pokuty, ak jej uloženie vyplynulo z výsledku zistení kontroly dodržiavania zákona o účtovníctve. Správca dane spolu s doručením protokolu doručí účtovnej jednotke aj oznámenie o začatí daňového konania o uložení pokuty, v ktorom uvedie, že sa podľa § 58 daňového poriadku začína daňové konanie o uložení pokuty podľa § 38 zákona o účtovníctve.
Vzhľadom na to, že daňový poriadok sa procesne vzťahuje na celý proces uloženia pokuty za zistené porušenia zákona o účtovníctve, správca dane uloží pokutu rozhodnutím, ktoré vydá podľa § 63 daňového poriadku. Účtovná jednotka môže proti tomuto rozhodnutiu podať opravný prostriedok – odvolanie. Včas po