Nezávislosť audítora má zásadný význam pre dôveru verejnosti ku spoľahlivosti správ vypracovaných audítormi. Je pre audítorskú profesiu hlavným prostriedkom ako verejnosti a regulačnému orgánu dokázať, že audítor plní svoje úlohy na primeranej úrovni a v súlade s prijatými etickými zásadami.
Nezávislosť audítora má zásadný význam pre dôveru verejnosti ku spoľahlivosti správ vypracovaných audítormi. Prepožičiava vierohodnosť zverejneným finančným informáciám a údajom o hodnote pre investorov, veriteľov, zamestnancov a ďalšie zainteresované strany. Platí to predovšetkým o spoločnostiach, na ktoré sa sústreďuje verejný záujem. Nezávislosť je pre audítorskú profesiu tiež hlavným prostriedkom ako verejnosti a regulačnému orgánu, ktorý v SR predstavuje Úrad pre dohľad nad výkonom auditu, dokázať, že audítor plní svoje úlohy na primeranej úrovni a v súlade s prijatými etickými zásadami.
Nezávislosť audítora môžu ohroziť rôzne druhy hrozieb, napr. pri dlhodobom pôsobení audítora na určitej audítorskej zákazke hrozí spriaznenosť alebo spoliehanie sa. Ide o riziko, že klientova osobnosť a jeho osobné kvality budú mať na audítora príliš veľký vplyv a audítor získa voči klientovi príliš veľké sympatie, napr. na základe dlhotrvajúcich a príliš úzkych vzťahov s pracovníkmi audítorského klienta, ktoré môžu viesť k prílišnej dôvere v klienta a k nedostatočne objektívnemu overovaniu jeho účtovnej závierky.
Na zmiernenie alebo odstránenie hrozieb voči nezávislosti audítora sa uplatňujú rôzne typy poistných opatrení a mechanizmov. Istým poistným mechanizmom, ktorý môže prispieť k zabezpečeniu nezávislosti audítora je jeho rotácia, t. j. povinné striedanie sa audítorov a kľúčových audítorských partnerov zodpovedných za výkon auditu v subjektoch verejného záujmu, ktoré zákon č. 540/2007 Z. z. o audítoroch, audite a dohľade nad výkonom auditu a o zmene a doplnení zákona č. 431/2002 Z. z. o účtovníctve v z. n. p. v z. n. p. (ďalej len „zákon o audítoroch“) povinne vyžaduje v § 26 ods. 3 v nadväznosti na smernicu č. 2006/43/ES o štatutárnom audite ročných účtovných závierok a konsolidovaných účtovných závierok (ďalej len „smernica“) s cieľom posilniť nezávislosť audítorov v subjektoch verejného záujmu, na ktoré sa vzťahujú prísnejšie kritériá ako na iné typy účtovných jednotiek (ÚJ), pretože majú z celospoločenského hľadiska väčší význam, napr. z dôvodu povahy ich činnosti, veľkosti, príp. počtu zamestnancov. Z ustanovenia vyplýva povinnosť výmeny audítora, ktorý sa zaoberá auditovanou ÚJ, keďže audítor zodpovedný za výkon auditu môže vykonávať audit v tom istom subjekte verejného záujmu najviac päť po sebe idúcich rokov odo dňa jeho vymenovania. Takto nahradený audítor sa k zákazke pre daného klienta môže vrátiť až po uplynutí najmenej dvoch rokov po dni, keď bol nahradený.